El equipo de El Nacional se coronó campeón en el año 2006, logrando un destacado título en el ámbito local.
Desde ese memorable logro, el equipo ha atravesado diversos desafíos, incluyendo momentos difíciles que lo llevaron al descenso a una categoría inferior en 2020.
Ese mismo año, varios jugadores del equipo tuvieron una actuación destacada en el Mundial de Fútbol de 2006, siendo parte fundamental de la selección nacional ecuatoriana que alcanzó los octavos de final en esa competencia internacional.
Bajo la dirección técnica de Éver Hugo Almeida, El Nacional logró conquistar el campeonato en una emocionante liguilla final, superando a sus rivales con un sistema de competición exigente y competitivo.
Durante esa temporada, El Nacional se destacó al posicionarse en el primer puesto de la liguilla final, asegurando así el título con un rendimiento sobresaliente, dejando atrás a otros equipos como Emelec y Liga de Quito.
Un grupo de talentosos jugadores conformó el plantel campeón, entre los que destacaban nombres como Johvani Ibarra, Pavel Caicedo, Wellington Sánchez, Walter Ayoví, Pedro Quiñónez, Cléver Chalá, Ángel Fernández, Omar de Jesús, John Cagua, David Quiroz, Gustavo Figueroa, Renán Calle, Carlos Ramón Hidalgo, Carlos Castro, Rixon Corozo y Manuel Cotera.
En la cita mundialista de 2006, El Nacional estuvo representado por varios de sus jugadores, quienes contribuyeron de manera significativa al desempeño de la selección ecuatoriana en ese torneo internacional.
Jugadores como Jorge Guagua, Christian Lara, Félix Borja, Segundo Castillo y Christian Benítez (†), junto con la participación de Luis Antonio Valencia, destacaron en los enfrentamientos de la selección en la Copa del Mundo.
Estos futbolistas formaron parte de encuentros memorables donde Ecuador logró importantes victorias y enfrentó a equipos de renombre en el escenario mundial del fútbol.
En la temporada de 2006, El Nacional se destacó por su capacidad goleadora, anotando un total de 82 goles en los 46 partidos disputados a lo largo del campeonato.
El jugador más destacado en la faceta goleadora fue Ebelio Ordóñez, con 17 goles convertidos, seguido de cerca por Christian 'Chucho' Benítez y Dany 'Cholito' Vera, quienes aportaron con 16 y 13 goles respectivamente, conformando un tridente ofensivo que generaba temor en las defensas rivales en la Serie A.