Diego Borja ha tenido una destacada trayectoria dentro del ámbito político, ocupando importantes cargos en el gobierno. Inicialmente como asambleísta constituyente y posteriormente como ministro de Estado bajo la administración de Rafael Correa.
La relación de Diego Borja con el movimiento político se ha ido moldeando a lo largo de los años. Surgió en los años 80, cuando coincidió con Rafael Correa en la dirigencia estudiantil. Posteriormente, compartieron estudios en la Universidad de Lovaina La Nueva y colaboraron juntos en diversas iniciativas gubernamentales y económicas.
A partir de 2011, Borja inició un distanciamiento progresivo del movimiento, especialmente marcado por diferencias en la gestión del Banco Central del Ecuador. Estas discrepancias lo llevaron a expresar críticas abiertas a la administración de Correa, llegando a pedir su renuncia en 2015.
Finalmente, en 2012 se consolidó su quiebre definitivo con el movimiento, tras diferencias significativas durante la reinscripción de Alianza PAIS, como se conocía en ese entonces al partido.