Joao Rojas ha experimentado diversas lesiones a lo largo de su carrera en el fútbol, siendo la más reciente sufrida durante un encuentro de la Copa Libertadores entre Sao Paulo y Barcelona SC, donde fue objeto de una entrada brusca que lo obligó a retirarse del campo visiblemente afectado.
A lo largo de sus 10 años como jugador profesional, Joao Rojas ha padecido tres lesiones graves, entre las cuales se incluyen la rotura del ligamento cruzado anterior en 2017, una lesión similar en 2022 y una fractura de peroné en 2023.
Tras la lesión en el ligamento cruzado de su rodilla derecha en 2017, Rojas se unió a Emelec, donde después de una rehabilitación de ocho meses, logró regresar a la actividad. Posteriormente, durante su etapa en Monterrey de México en 2022, sufrió la misma lesión en la rodilla izquierda, perdiéndose la oportunidad de participar en el Mundial de Qatar 2022.
La más reciente lesión de Joao Rojas implica una fractura de peroné, con una estimación de al menos seis meses sin poder jugar. A día de hoy, aún no se ha determinado con exactitud el tiempo requerido para su completa recuperación.